Адмірал Кірк ніяк не може прийти в себе після важкої втрати - смерті свого близького друга і помічника Спока. Тим часом у його найкращого друга доктора Маккоя настає глибокий душевний розлад. Незабаром до них прибуває батько Спока, Сарек, який прояснює ситуацію, що...

Під командуванням капітана Кірка, екіпаж загиблого корабля Ентерпрайз повертається на захопленому клінгонському зорельоті додому. Тепер їм належить понести покарання за саботаж і викрадення зорельота. Тим часом біля Землі з'являється невідомий космічний зонд...